
Het midden van de 16de eeuw was een tijd van onzekerheid. De grote armoede nam grotere afmetingen aan, de lakenindustrie bloedde dood, de belastingdruk nam toe, vele akkers werden niet bewerkt, omdat plundering werd gevreesd, en regelmatig dreigde een graancrisis.
Het calvinisme vond tijdens deze sociaal-economische crisis heel wat aanhangers binnen de geografische driehoek Poperinge - Hondschoote - Belle (Bailleul). Enerzijds omdat ze de armoede wilde ontvluchten en anderzijds omdat ze niet langer onder gewetensdwang wilde leven, week een groot deel van de lokale bevolking uit naar Nederland, Engeland en Duitsland.
Wanneer van hogerhand hardhandig werd opgetreden tegen deze 'andersdenkenden', reageerden zij door de gevestigde kerk aan te vallen. Op 14 augustus 1566, daags voor Onze-Lieve-Vrouw Hemelvaart, kwam Sebastiaan Matte, een Ieperse hoedenmaker, naar Poperinge met een gewapende geuzenbende. Hij hield op het kerkhof van de Onze-Lieve-Vrouwekerk voor een talrijke groep aanhangers een opruiende preek.
Daarop trok de opgezweepte menigte naar de Onze-Lieve-Vrouwekerk waar zij talloze kostbaarheden stuksloeg, niet alleen beelden maar ook altaren, koorgestoelte, schilderijen, goud en zilverwerk, gewaden, boeken, enz
Van hieruit trokken ze naar de andere kerken en kapellen van de stad.
In 1673 werd het Zwijnland en in 1678 Poperinge door Lodewijk XIV bij Frankrijk ingelijfd. Inderdaad, wat we tot hiertoe nog niet vermeldden, is het feit dat de heerlijkheid Poperinge eertijds maar half zo uitgestrekt was als nu. Het Zwijnland was een heerlijkheid die bijna even groot was als Poperinge en zich zelfs uitstrekte over een deel van Proven, Krombeke, Watou, Westvleteren en andere gemeenten. Pas in de 17de eeuw werd deze heerlijkheid door de abt van de Sint-Bertinusabdij van Sint-Omer (F) aangekocht, maar ze werd tot tijdens de Franse Revolutie door een aparte proost bestuurd.
Nog andere domeinen of heerlijkheden lagen gedeeltelijk op het huidige territorium van Poperinge centrum. Denken we maar aan de Coppernolle, de heerlijkheid de Voxvrie (de 'Grote Heerlijkhede') en de Pontpepers, die zijn bestuurlijke centrum gehad moet hebben in café 'De Leene'.
Toen de stad Poperinge onder Franse heerschappij kwam, werd vooral één weg van groot belang nl. de 'calchiede' die van Duinkerke over Roesbrugge naar Poperinge leidde om dan via Ieper naar Waasten te gaan. De Franse vorst had die bestrate weg in 1680 laten aanleggen om zijn leger op een snelle en efficiënte manier te laten evolueren. Voor Vlaanderen was zo'n kasseiweg een primeur, gezien de andere landsgedeelten moesten wachten tot de tijd van Maria-Theresia (midden 18de euw) vooraleer ze een verharde weg kregen.
In 1627 had abt Philips Gillocq de toestemming verleend aan de Recolletten om een klooster te bouwen dat, zoals in vele gevallen, afgeschaft werd tijdens de Franse Revolutie (1796). Het werd opgericht langs de Gasthuisstraat op de plaats waar momenteel het Nationaal Hopmuseum staat. Café 'De Stadsschaal' was een annex van het kloostergebouw. Hoewel reeds in de 16de eeuw een stadsschool en een zondagsschool bestonden, stond het onderwijs toch nog op een laag peil. Er werd hieraan verholpen door in 1657 aan het Recollettenklooster een Latijns college toe te voegen.
Intussen (1635) waren ook enkele kloosterzusters van de orde der Benedictinessen uit Fauquembergues (F) zich in Poperinge komen vestigen. Zij stichtten een klooster langs de Boeschepestraat en openden op hun beurt een school.